Как вы упомянули, что у каждого фрагмента есть свой собственный сервис, логически лучшее и чистое решение - привязать каждый сервис к жизненному циклу своего фрагмента.
Но в противном случае нет ничего плохого, если вы связываете их обоих с родительским действием, поскольку жизненные циклы обоих фрагментов неявно связаны с жизненным циклом родительского действия, то есть MainActivity. Это зависит только от вас, чтобы решить.