Что бы вы ни делали, не открывайте окно команд во время работы программы. Если вы сделаете это, ваши клиенты будут деинсталлированы, как будто завтра не наступит.
Что касается mysql против sqlite, стандартный подход - если он взаимодействует удаленно, не стесняйтесь использовать mysql, но если вы устанавливаете db на клиенте, вы должны использовать встроенный автономный db (sqlite).
Насколько сложным вы ожидаете, что ваше приложение будет таким, что вы не сможете использовать sqlite (кроме того, что вы не сможете повторно использовать часть кода, который вы упомянули)?