Нет переносимого способа сделать это, так как каждый компилятор должен обрабатываться по-разному.
Лучшее, что вы можете сделать, - написать несколько условных выражений. Например
*-g++:QMAKE_CXXFLAGS += -include myheader.h
else:*-msvc:QMAKE_CXXFLAGS += -Fi myheader.h
# else:...