Простая вложенная команда IF сделает то, что вы хотите.
if "%a[0]%"=="%a[1]%" if "%a[1]%"=="%a[2]%" echo Equal
Еще одно простое решение для сравнения 3 чисел, чтобы увидеть, все ли они одинаковые.
if "%a[1]%,%a[2]%,%a[3]%"=="%a[2]%,%a[3]%,%a[1]%" echo All same