Я полагаю, что есть несоответствие между вашими данными json и вашими классами, так что возвращаемый объект имеет нулевые значения.
Также я считаю, что у вашего запроса LINQ также есть проблемы.
Попробуй таким образом. Вам нужно выбрать после группы по
files.libraries.GroupBy(x => new { x.downloads.artifact,
x.downloads?.classifiers?.natives-windows ?? "default value for nulls" })
.Select(x => new {
Artifact = x.Key.artifact,
NativesWindows = x.Key.natives-windows,
Count = x.Count()
});
Имейте в виду, что исправление запроса LINQ не решит вашу исключительную ситуацию NullReferenceException