Попробуйте что-то вроде https://github.com/DanAlbert/GTestJNI. Это альтернативный тестовый прогон для JUnit и GTest, который выставляет GTests, как если бы они были JUnit, так что вы можете просто запустить ваши обычные androidTests, и они запустят ваши GTests для вас.
Когда-нибудь я хочу добавить это либо в NDK, либо, по крайней мере, сделать тривиальным, чтобы добавить его в проект в виде подмодуля git, или что-то в этом роде, но сейчас вы можете объединить части этого в свой проект.