Вы можете установить Varnish на один сервер, чтобы использовать его как для Magento2, так и для Prestashop.
Однако я подозреваю, что и у Magento2, и у Prestashop будет какая-то специальная конфигурация, необходимая для Varnish. Поэтому VCL будет немного сложнее.
Предполагая, что Magento2 и Prestashop используются на разных хостах, вы можете добавить логику в VCL на основе имени домена, если конфиги конфликтуют
if(bereq.http.host == "magento-host.com") {
// specific config for magento
}
if(bereq.http.host == "prestashop-host.com") {
// specific config for prestashop
}