Я предполагаю, что вы загрузились и получили b2.exe. Запуск b2 --help должен помочь. Конкретная команда, которую я обычно использую: b2 --with-regex stage.
Я думаю, что более новая версия Boost по умолчанию должна собирать как отладочные, так и выпуски 32-битных и 64-битных библиотек, но если этого не произойдет, вы можете попробовать добавить address-model=32,64 в команду.