Не вычисляйте их как в классификации !!!
Либо вам нужно работать с парами точек - это наиболее распространенный подход, используемый очень популярным показателем ARI.
Или вам нужно найти кластер с максимальным перекрытием, который иногда называют «совпадающим». Я не убежден в этом подходе.
И последнее, но не менее важное: вы можете использовать венгерский алгоритм, чтобы найти наилучшее частичное соответствие 1: 1, и считать несопоставленные кластеры ложными.