Каждый раз, когда вы запускаете образ докера, ничего не сохраняется между контейнерами докера (кроме томов, которые вы подключили).
Вам необходимо установить / обновить пакеты python для образа Docker , а не пакеты Python в контейнере Docker .
Примером Dockerfile в этом случае будет:
FROM <ORIGINAL IMAGE_NAME>:<VERSION>
RUN apt-get update \
&& <The manual steps you did to install/update the packages>
Тогда вам нужно будет собрать Dockerfile, запустив его в каталоге Dockerfile:
docker build -t NEW_IMAGE_NAME .
Наконец, для запуска контейнера Docker этого конкретного образа Docker команда будет выглядеть так:
docker run -it -v /home/user:/home/user NEW_IMAGE_NAME /bin/bash