Формат HDF5, по-видимому, не поддерживает категории с форматом = "fixed". Следующий пример
s = pd.Series(['a','b','a','b'],dtype='category')
s.to_hdf('s.h5','s')
Возвращает ошибку:
NotImplementedError: Невозможно сохранить категорию dtype в наборе данных HDF5, который использует format = "fixed". Используйте format = "table".
Как построить категориальный ряд с форматом = 'таблица'?