Вроде разобрался.
Очевидно, что в setuptools есть возможность указать точки входа. Пример файла:
[console_scripts]
mlflow=mlflow.cli:cli
Когда pip (или другой установщик с поддержкой console_scripts) устанавливает дистрибутив, он создает оболочку командной строки для каждой точки входа.
Так что если мы введем mlflow в командной строке, он будет автоматически распознан.
Так что теперь я могу запустить его, запустив файл cli.py с аргументами, но мне все равно нужно выяснить, почему это не удалось на моем ПК.
Ссылки: Здесь , Здесь и Здесь