Разницы нет. Основная причина существования обоих заключается в том, что Cloud Datastore раньше был сервисом, специфичным для App Engine, и поэтому все манипуляции с индексами выполнялись с помощью этого продукта. Теперь Datastore можно использовать как продукт хранения данных более общего назначения и как собственную группу команд в gcloud. Оставить его под gcloud app deploy - это просто удобство для существующих пользователей App Engine.