Это слишком философский вопрос для разработчиков. Будьте более конкретны для какого типа проекта.
Для Интернета я рекомендую что-то вроде этого:
Src - весь ваш собственный код
Библиотеки - весь внешний код
Public - в основном файлы, доступные по URL, и htaccess
Активы - изображения, медиа
Стили - как говорится в названии
В вашем случае я бы добавил другую базу данных папок