В зависимости от того, что вы пытаетесь сделать, вы можете использовать Cytoscape в качестве модели данных и построить на нем средство визуализации JavaFX. Я хотел сделать это, но это не в дорожной карте, связанной с нашим финансированием.
Я выполнил несколько проектов JavaFX, которые могли бы послужить хорошей отправной точкой, но они не интегрируются напрямую с Cytoscape, который имеет более богатую модель подсетей, групп и т. Д.
https://github.com/AdamStuart/appFX/tree/master2/src/main/java/diagrams
один из которых основан на прекрасном примере от TESIS DYNAware GmbH.
Как вы понимаете, ключевая проблема заключается в фильтрации сети перед попыткой ее визуализации. Число ребер, связанных с 30000 узлами, сковывает большинство систем, если вы попытаетесь создать что-то интерактивное.