Использование ориентированного графа и матрицы с двумя вершинами, соединенными друг с другом, заканчивается перекрывающимися ребрами. Например:
A B C A 0 7 0 B 5 0 0 C 0 0 0
Края от A до B и от B до A перекрываются.