Как говорится в журнале, может быть другой запущенный процесс, который нуждается в блокировке. ps aux должен дать некоторые подсказки. Если никакие другие процессы не выполняются, блокировка может быть пережитком процесса, который был остановлен или завершен случайно до того, как он завершит работу. Вы можете вручную удалить файл блокировки, а затем повторить попытку git checkout.