Угадай, не видя твой код:
Вам нужно обновить cornerRadius на слое при изменении размера. Либо создайте подкласс и переопределите layoutSubviews, либо попросите viewcontroller обновить cornerRadius, переопределив viewDidLayoutSubviews.
Это связано с тем, что слои не поддерживают автоматическое расположение.