Существует базовая поддержка, которая позволяет вам ставить, удалять или отменять изменения субмодуля во внешнем репозитории. Вы можете отключить автоматическое определение субмодулей с помощью настройки git.detectSubmodules.
Я подозреваю, что "изменения подмодуля" - это только верхнее дерево SHA1 (gitlink), записанное в индексе родительского репо, а не файлы в этом подмодуле.
Гитлинк - это разница, показанная на картинке в примечаниях к выпуску:
