Поскольку фреймы данных Pandas построены на массивах Numpy, да, они будут сохранены.
Joblib реализует свою оптимизированную стойкость, подключившись к протоколу pickle. Все, что включает в себя пустые массивы в своем маринованном представлении, выиграет от оптимизации Joblib.