Есть два варианта, которые вы можете изучить. Во-первых, если вы знаете позицию изменения в файле, вы можете:
file = open("path/to/file", "rb+")
file.seek(position)
file.seek(file.tell()). # There seems to be a bug in python which requires you to do this
file.write("new information") # Overwriting contents
Также см. здесь почему file.seek(file.tell())
Второй - сохранить сам измененный массив
myarray = np.load("/path/to/my.npy")
myarray[10] = 50.0 # Any new value
np.save("/path/to/my.npy", myarray)