Проблема заключается не в том, что UNWIND на ключах, а в том, что вы указываете удалить что-то не на графическом объекте.
В идеале это должно было бы стать:
MATCH (v:Value)
WHERE v.id = {valueId}
UNWIND keys(v) AS key
WITH v, key
WHERE key CONTAINS 'property.'
REMOVE v.key
К сожалению, это не работает, так как ключ свойства не может быть переменным.
Обходной путь с APOC - установить очищенную карту на узле:
MATCH (v:Value)
WHERE v.id = {valueId}
SET v = apoc.map.clean(properties(v), filter(x IN keys(v) WHERE x CONTAINS 'property.'), [])
RETURN v