Magento 2 не имеет отдельного инструмента импорта для категорий, но вы можете создавать категории с помощью импорта продукта. Если у вас есть полный путь к категории для товаров в файле импорта, и такая категория не существует в Magento 2, она будет создана.
Пример CSV
sku,categories
product_sku1,"Default Category/Main/sub, Default Category/Main2/sub2"
product_sku2,"Default Category/Main/sub3, Default Category/Main2/sub4"
После импорта товара будут созданы два товара и категории Main, Main2, sub, sub2 и т.д ...