Вы должны определить, какую строку обновить:
Вы можете использовать ID:
$query = $connect->prepare("UPDATE users SET email='$email' WHERE id='{$id}' LIMIT 1");
Или используйте имя пользователя:
$query = $connect->prepare("UPDATE users SET email='$email' WHERE username='{$username}' LIMIT 1");
Вы также используете неправильно подготовить / выполнить функцию . Чтобы безопасно связать параметры с запросом, вы можете сделать это следующим образом:
$query = $connect->prepare("UPDATE users SET email=:email WHERE id=:id LIMIT 1");
$query->execute(array('id'=>$id, 'email'=>$email));
PHP 7>
В PHP 7 или выше вы можете изменить array () на [] следующим образом:
$query->execute(['id'=>$id, 'email'=>$email]);