Да, вы можете сделать это, но вызов функции javascript будет частью логики вашего приложения. Ваше приложение может выбрать отображение ссылки javascript на основе идентифицированного намерения или других данных контекста, предоставленных в ответе на разговор Watson (теперь называется Watson Assistant).
Существует руководство developerWorks по созданию чат-бота, в котором демонстрируется решение с полным стеком, включающее чат-бот javascript, приложение Node.js и вызовы API Watson. Если вы изучите, как работает это приложение, вы должны получить представление о том, как включить ссылку на JavaScript:
https://developer.ibm.com/courses/all/chatbots-watson-lets-talk-national-parks/