Как изменить алгоритм кластеризации для функции heatmap.2 в R?

Question

Я хочу изменить метод кластеризации, который heatmap.2 использует для иерархической кластеризации. Он использует hclust по умолчанию, который я хочу продолжать использовать, но hclust использует «полный» метод, а я хочу сделать «средний». Heatmap.2 имеет параметр hclustfun, но я не могу понять, как его использовать. Я пытался

heatmap.2(..., hclustfun=hclust(method="average"))

но выдало ошибку, что требуется аргумент 'd'. Heatmap.2 выполняет собственный расчет расстояния, который можно указать с помощью параметра distfun. Я не уверен, как каким-то образом передать расстояния в hclust или как указать параметр, который будет передан в hclust.

Answer 1

Вы действительно близко. Поскольку hclustfun должна быть функцией, значение параметра действительно должно быть функцией, в то время как hclust(method = "average") означает , вызывая hclust без указания d. В то же время,

heatmap.2(x, hclustfun = function(d) hclust(d, method = "average"))

работает.