Вот нужная вам коррекция -
# Read files
out.file <- NULL
for (i in 1:length(file_list)){
file <- read.table(file_list[i], header=TRUE, sep=",")
out.file <- rbind(out.file, file)
}
Обратите внимание, что этот способ увеличения данных, то есть привязка к себе, неэффективен, но, предположив, что вы новичок, я бы сказал, что не беспокойтесь об этом, пока вам не придется.