Я не думаю, что имеет значение, в каком порядке вы их разместите. Если у вас есть проблемы, вы всегда можете запустить свой код через инструмент проверки AMP или бросить # development = 1 после вашего URL и проверить консоль в вашем браузере dev tools.
Примечание: после добавления # development = 1 может потребоваться дважды обновить страницу с открытыми инструментами разработчика, чтобы она отображала сообщение об успешном или неудачном завершении работы в консоли.
Я только что пытался установить amp-custom перед настройкой amp-шаблон в инструменте проверки AMP, а также amp-шаблон до появления amp-custom, и оба вернулись как действительные AMP.
Я знаю, что для веб-сайта нашей компании мы добавили его после amp-custom из-за того, что он определяет для нас так, чтобы он имел приоритет над любым другим стилем.