Думаю, лучше ужесточить существование корневого элемента, добавив корень в таблицу:
INSERT INTO some (some_id, parent_id) VALUES (0, 0);
COMMIT;
Таким образом, эта запись с some_id = 0
теперь будет служить корневым элементом, и любые ссылки с parent_id = 0
будут действительными.
Я не думаю, что есть способ сопоставить 0 с NULL - не с тем, как работает JPA, не с ссылочными идентификаторами.