IN предложение принимает Список , а не Строка , поэтому вам нужно преобразовать эту строку в список, подобный этому, и затем установить параметр
List<Integer> listCode = Stream.of(codeList.split("\\s*,\\s*"))
.map(Integer::valueOf)
.collect(toList());// this will return a list [123, 456]
query.setParameter("codeList", listCode);
Теперь о вашей проблеме
При попытке использовать:
query.setParameter("codeList", "123 ,456");
Ваш запрос конвертируется так:
CODE IN ('123 ,456')
^________^-----------------this treated as a String not as a List
Есть решение с объединением этого параметра с запросом, но я не советую с этим решением!