Мы делаем это с Maven под Hudson, с профилем, который запускает maven-antrun-plugin на этапе process-test-resources. В нашем случае плагин maven-antrun-plugin запускает класс Java, который генерирует схему, но, конечно, есть и другие варианты. Это выглядит так:
<profile>
<id>dev</id>
<build>
<plugins>
<plugin>
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-antrun-plugin</artifactId>
<executions>
<execution>
<id>generate-database-schema-new</id>
<phase>process-test-resources</phase>
<configuration>
<tasks>
...
</tasks>
</configuration>
<goals>
<goal>run</goal>
</goals>
</execution>
</executions>
</plugin>
</plugins>
</build>
</profile>