Если вы действительно, действительно хотите удалить упаковщик по умолчанию, вы можете заткнуть его, как я только что сделал, используя что-то подобное, но с поправкой на версии и пути вашего ruby:
rm /usr/local/rbenv/versions/2.6.2/lib/ruby/2.6.0/bundler.rb
rm -r /usr/local/rbenv/versions/2.6.2/lib/ruby/2.6.0/bundler/
rm /usr/local/rbenv/versions/2.6.2/bin/bundle{,r}
rm /usr/local/rbenv/versions/2.6.2/lib/ruby/gems/2.6.0/specifications/default/bundler-1.17.3.gemspec
Или опасно жить:
rm -rf "$(ruby -e 'print RbConfig::CONFIG["rubylibdir"]')"/bundler{.rb,/} \
"$(ruby -e 'print RbConfig::CONFIG["bindir"]')"/bundle{,r} \
"$(ruby -e 'print Gem.dir')"/specifications/default/bundler-*.gemspec