Вы получаете все журналы, которые отображались на stdout или stderr в контейнере.
Это не имеет ничего общего с процессами, которые выставляются на разных портах.
Если в контейнере запущено 2 экземпляра, и оба показывают там журналы на системной консоли, то вы получите оба журнала в команде docker logs для контейнера.
Вы можете попробовать multitail
утилиту для привязки более одного файла журнала в команде docker exec.
Для этого вы должны установить его в этот контейнер.