file_put_contents($file, array_values($delivery[0]), FILE_APPEND);
Это печатает, чтобы сохранить все значения в одной строке. Как распечатать все значения своей строкой?
Вам необходимо вставить значения в строку, разделенную (в вашем случае) новой строкой.
file_put_contents( $file, implode("\n", array_values($delivery[0])), FILE_APPEND );