Я наконец-то нашел решение благодаря доброй помощи Cooshals,
мы должны зайти в виртуальную машину-машину и создать там файл, а затем указать его прямо из docker-compose.yml, в этом случае я сделал так:
docker-machine ssh default
touch /var/acme.json
chmod 600 /var/acme.json
Тогда в моем docker-compose:
volumes:
- /var/:/var/acme.json
Наконец-то в traefik.toml:
[acme]
storage = "acme.json"