Нет, и не может быть, поскольку существуют способы, которыми ресурсы могут использоваться без какой-либо ссылки в источнике приложения. Например, служба push-уведомлений берет имя звукового файла в комплекте приложений, поэтому все звуковые файлы в форматах, используемых для push-уведомлений, могут не использоваться, даже если в самом приложении нет ссылки. Есть и другие подобные ситуации.
Очевидно, что вы можете написать несколько сценариев для обработки удаления ресурса, если знаете, что происходит, но я бы никогда не ожидал, что Xcode предоставит что-то подобное этой функции.