Это потому, что вы смешиваете EXPLICIT и IMPLICIT Синтаксис соединения .
Неявный синтаксис объединения устарел, и вы должны прекратить его использование.
Смешивание обоих синтаксисов в одном и том же запросе даже хуже и вызывает ошибки, подобные этой, в последних версиях MySQL (версия 4 очень старая в настоящее время ...).
Ваш запрос должен быть
SELECT
c3.label_id
FROM
label_based_costs c3
CROSS JOIN label_based_text s3
CROSS JOIN platform o3
CROSS JOIN basic b3
CROSS JOIN series r3
LEFT JOIN platform o2 ON o3.content_code = o2.content_code AND o2.year = '2018'
LEFT JOIN basic b2 ON b3.bs_code = b2.bs_code AND b2.year = '2018'
С другой стороны, все эти CROSS JOIN являются подозрительными, потому что вы создаете огромный декартово произведение из 5 таблиц, и его, вероятно, необходимо просмотреть