Итак, кажется, что sqlite3 не может сделать это самостоятельно. Вы можете компенсировать это, сбрасывая pagecache / inodes в linux, выполнив в качестве пользователя root:
echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches
Чтобы оно было эффективным для тестирования производительности, вам нужно будет запускать эту команду между каждой итерацией. Значение не изменится (что противоречит интуиции), но каждый раз, когда значение записывается в файл, активируется процесс очистки.