Я думаю, вы неправильно понимаете некоторую часть управляемых объектов, но я не уверен, что это за часть.
Поскольку вы аннотировали компонент как @Prototype, я предполагаю, что вы понимаете, что Spring будет создавать для вас новый экземпляр каждый раз, когда вы его запрашиваете. Тогда было бы тривиально вызвать сеттеры для ваших неуправляемых объектов. Вы могли бы даже добавить подход с поясом и подтяжками, и ваш бин выдавал исключение IllegalStateException, если сеттеры не были вызваны.
@ Иван абсолютно прав, как вы можете вручную запросить боб. Он также совершенно прав, что если вы прибегаете к этому, ваш дизайн, вероятно, не самый лучший.