Если вы действительно, действительно хотите это сделать, то вы сможете без особых проблем - основные библиотеки спроектированы так, чтобы они хорошо себя вели в своих собственных пространствах имен, с несколькими заметными исключениями - из Использование JQuery с другими каркасами :
Библиотека jQuery и практически все ее плагины ограничены в пространстве имен jQuery. Как правило, «глобальные» объекты также хранятся в пространстве имен jQuery, поэтому вы не должны сталкиваться с jQuery и любой другой библиотекой (например, Prototype, MooTools или YUI).
Тем не менее, есть одна оговорка: по умолчанию jQuery использует "$" в качестве ярлыка для "jQuery", который вы можете переопределить.
Так что, да, вы можете сделать это, но вы, вероятно, будете создавать головные боли от обслуживания в дальнейшем - тонкие различия между функциями платформы могут быть очевидны для вас сегодня, но могут вернуться через 6 месяцев и совсем другая история! Поэтому я бы рекомендовал сделать это как можно проще и иметь как можно меньше различных фреймворков (желательно 1!) В своей кодовой базе.