Вы можете использовать выравнивание изображения с функцией соответствия, как:
//Load 2 Slices with Body Region
img1 = LoadImageBody("Slice01");
img2 = LoadImageBody("Slice02");
//Calculate Keypoints&Descriptors
KeyPt1 = SURF(img1);
KeyPt2 = SURF(img2);
//Find Corresponding Point Pairs
Pairs = FindPairs(KeyPt1, KeyPt2);
//Find Homography Matrix
H = FindHomography(Pairs);
//Calculate Image Transformation
imgWarp =WarpPerspective(img2, H);
//Save Transformation Result
SaveImg("Warp.png", imgWarp);
//Calculate Two Images Difference
imgDiff = AbsDiff(img1, imgWrp);
//Save Difference Result
SaveImg("Diff.png", imgDiff);
Но у меня нет решения по разному освещению и смене цвета .. Я тоже смотрю ..