Если вы используете Linux или Mac, я видел похожую (не ту же) проблему, когда приложение (в данном случае PyCharm) было установлено с пользователем root через sudo, а затем выполнялось как обычно пользователь, у которого тогда не будет разрешений на создание / изменение файлов конфигурации, что в случае PyCharm является папкой .idea в папке вашего проекта.
Если это ранее работало, возможно, обновление PyCharm, когда вы работали как root, может вызвать ту же проблему (папка root становится владельцем папки, а обычный пользователь не может ее изменить).