require_once(APPPATH.'libraries/Cloudflare/API/');
это каталог.
Вам нужно использовать composer :
Установите его:
composer require cloudflare/sdk
Затем используйте автозагрузчик композитора:
<?php
require 'vendor/autoload.php';
$key = new Cloudflare\API\Auth\APIKey('user@example.com', 'apiKey');
$adapter = new Cloudflare\API\Adapter\Guzzle($key);
$user = new Cloudflare\API\Endpoints\User($adapter);
echo $user->getUserID();