Другой размер назначен

Question

Я пытаюсь установить графитовый пакет от Bioconductor. Однако я продолжаю получать, не могу выделить вектор размером XXX, несмотря на то, что могу создать объект большего размера.

> BiocManager::install("graphite")
Bioconductor version 3.8 (BiocManager 1.30.3), R 3.5.1 (2018-07-02)
Installing package(s) 'graphite'
trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.8/bioc/src/contrib/graphite_1.28.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 4937193 bytes (4.7 MB)
==================================================
downloaded 4.7 MB

* installing *source* package ‘graphite’ ...
** R
Error : cannot allocate vector of size 844.3 Mb
ERROR: unable to build sysdata DB for package ‘graphite’
* removing ‘/usr/lib/R/site-library/graphite’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpeRdRny/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, repos = repos, ...) :
  installation of package ‘graphite’ had non-zero exit status
> print(object.size(runif(129999999)), units = "Mb")
991.8 Mb

Не работает, даже если я начинаю новый сеанс с R --vanilla. Проблема может быть связана со сборкой базы данных sysdata для пакета. Но я не знаю, как ее решить (как пользователь). Как я могу установить его?

Answer 1

Кажется, проблема во время создания пакета. Я опубликовал еще одну ошибку, я попал на сайт поддержки Bioconductor, и автор ответил на исправление ошибки в версии 1.29.1 (версия пакета devel). Поэтому решение состоит в том, чтобы установить последнюю версию пакета:

remotes::install_git("https://git.bioconductor.org/packages/graphite", ref = "master")