Вы можете использовать argwhere :
import numpy as np
board = [[1, 2, 0],
[0, 0, 1],
[2, 0, 1]]
result = np.argwhere(np.array(board) == 0).tolist()
выход
[[0, 2], [1, 0], [1, 1], [2, 1]]
Если координаты должны быть кортежами, вы можете сделать:
result = [tuple(coord) for coord in np.argwhere(np.array(board) == 0).tolist()]
выход
[(0, 2), (1, 0), (1, 1), (2, 1)]