В вашем хранилище Maven есть несколько jar-файлов, которые не содержат pom.xml. Для maven - это файл pom.xml, который находится за пределами вашего артефакта. В Nexus вы всегда развертываете jar вместе с pom.xml, и это самое главное.
Так что вам нужно опубликовать pom.xml вместе с вашим jar-файлом, если вы хотите использовать его от Maven, но вам не нужно помещать его внутрь. AFAIK, вы не можете изменить это поведение.