Я думаю, вы не понимаете, что такое двоичный файл. Двоичное и десятичное это просто разные представления числа - например, 101 база 2 и 5 база 10 - это одно и то же число. Операции сложения, вычитания и сравнения работают с числами - 101 основание 2 == 5 основание 10, и сложение - это одна и та же логическая операция, независимо от того, на какой базе вы работаете. Тот факт, что ваш интерпретатор Python может хранить вещи как двоичные файлы, внутренне не влияет на работу с ним - если у вас целочисленный тип, просто используйте +, - и т. д.
Если у вас есть строки двоичных цифр, вам придется либо написать собственную реализацию, либо преобразовать их, используя функцию int (binaryString, 2).