Я бы порекомендовал использовать Maven для создания нового проекта. чтобы ответить на ваш вопрос рефакторинг вашего проекта, как показано ниже, и он сможет найти xml на classpath
src/main/java - все ваши занятия
src/main/resources - все ваши настройки, свойства, xml и т. Д.