Я не понимаю, как ваш VPS может быть внедрен вредоносным кодом, потому что по определению вредоносный код должен быть выполнен.
Если вы просто хотите сохранить файл, у вас не будет никаких проблем. Даже если текстовый файл повторяется с разбитым сердцем, вы просто сохраните код (или двоичный код) программы, python не будет пытаться выполнить его самостоятельно.
Так что нет, вам не будет введен вирус, если вы не попытаетесь выполнить весь файл, который вы опубликовали.