Вы можете сделать это:
var array: [Double] = [0.0, 1.000002, 0.0, 0.0]
let sorted: [Double] = array.sorted(by: >)
let sortAndRandomize: [Double] = sorted.prefix(1) + sorted.dropFirst().shuffled()
Если вы хотите изменить исходный массив, то:
var array: [Double] = [0.0, 1.000002, 0.0, 0.0]
array.sort(by: >)
array = array.prefix(1) + array.dropFirst().shuffled()